Бывало ли такое, что идея, не распространенная в научных кругах и откладывавшаяся в долгий ящик, всё же оказывалась правдой?

Конечно, и не раз. Идея о том, что Земля шар, долгое время считалась бредовой. О том, что Земля вращается вокруг Солнца, тоже. Это только то, что первое пришло в голову. Если покопаться в истории науки, таких примеров будет полно.