Могут ли посадить на Родине за преступление совершённое в непризнанном государстве?

Наказание зависит от тяжести преступления согласно правовой базе, принятой на родине. 

Допустим, находясь на непризнанной территории, Вы убили своего согражданина. Если его ценность для родины выше, чем Ваша, то вывод очевиден. 

А если, например, Вы работаете на непризнанной территории наёмником, убивая мирных жителей, то ситуация может быть совсем другой, вплоть до того, что родина сама Вам за это платит...

И множество других вариантов.

Признано/не признано здесь совершенно не при чем. Если некто совершил деяние, которое является преступлением, то наказание может последовать независимо от того, где этот некто его совершил. Хоть на Луне.