Постараюсь написать нейтрально, чтобы не разжечь тут ничего.
Потому что некогда территория современной Калининградской области была частью немецкой Восточной Пруссии. Цитата с Википедии:
Ядро исторической Пруссии с её столицей — городом Кёнигсбергом (сейчас Калининград) ныне принадлежит России, образуя Калининградскую область.
Получилось это так из-за Второй мировой войны, которая началась в 1939 году. В 1944 году началось наступление Союзников на Европу, в апреле 1945 года советские войска начали наступление на территории Германии и захватили Кёнигсберг. В мае 1945 года Германия капитулировала. Летом того же года была проведена Потсдамская конференция, по итогам которой Кёнигсберг отошёл к СССР. Цитата со статьи про конференцию:
Принципиальное согласие на передачу Советскому Союзу города Кёнигсберга и прилегающего к нему района для обеспечения безопасности СССР и европейской безопасности, выраженное Ф. Рузвельтом и У. Черчиллем на Тегеранской конференции, Г. Трумэн и У. Черчилль подтвердили ещё раз в Потсдаме.
СССР тогда включал в себя приграничную Литву, а равно новая территория отлично вписывалась в состав Союза (а точнее в РСФСР — России). Кёнигсберг переименовали в Калининград в 1946 году. В 1991 году СССР стал распадаться и к концу года прекратил существование. Литва вышла из его состава и стала самостоятельным государством, Калининград остался в составе РСФСР, которая позже стала Российской Федерацией. Так между основной Россией и Калининградом образовалась, скажем, пропасть.