Начать с проверки взаимоотношений министерств гражданской авиации двух стран.
Предположим, что на этом уровне все ок, нет запретов со стороны международных органов или проблем со стороны IATA (Международная ассоциация воздушного транспорта). Можно начинать переговоры о том, можешь ли ты под собственным флагом из страны А летать в чужую страну В.
Собираются представители министерств и представители авиакомпаний (иногда - обоих стран (А и В)) и начинают в прямом смысле торговаться: кто куда и как часто летает.
Суть торгов в том, чтобы сохранить приблизительно одинаковое распределение частот между обоими странами - компании страны А и страны В должны иметь возможность летать одинаковое количество раз в одинаковый набор городов, даже если одна из сторон этой возможностью никогда не воспользуется (но на бумаге она есть).
В этом смысле была веселая история при распаде СССР - раньше это была одна страна и один перевозчик (Аэрофлот), а потом на рынке перевозок внезапно появились отдельные 15 стран, почти каждая со своей авиакомпанией, а то и с двумя-тремя.
Тогда соглашение, скажем, с AirFrance, которые два раза в неделю летали из Парижа в Москву и Питер и поэтому Аэрофлот мог тоже два раза в неделю из Москвы и Питера летать в Париж - все это "деление пассажирских перевозок поровну" - полетело коту под хвост и мучительно пересматривалось пару лет.
Совсем простыми словами - при отсутствии негативных факторов или запретов на международном уровне, авиакомпании нужно просто договориться - и на уровне министерства и на уровне рынка перевозок - с остальными участниками этого рынка. Экономически и стратегически.
Сможешь договориться - будешь летать. Не сможешь - ну, уппс.