Вероятнее всего речь идёт о каком-нибудь блочном устройсте, например, флешке или диске. В блочном устройстве вся доступная память поделена на блоки определённого размера, а эти блоки сгруппированы в кластеры по нескольку блоков. Все блоки, а такде все кластеры пронумерованы по порядку. В самом первом блоке обычно указывается, каков размер блока и кластера, а таже в каком кластере начинается корневая папка.
Еще часть блоков отведены под таблицы размещения файлов. Там каждый бит показывает свободен или занят определённый кластер. Чтобы запись не произошла поверх уже ранее записанного файла. В этой таблице сначала помечается что кластер занят, а уже потом в этот кластер записываются данные. Обычно эта таблица для надёжности хранится в двух идентичных экземплярах. И еще (так как любой отдельно взятый файл может быть "размазан" по всему диску), тут же есть еще списки цепочек из номеров кластеров, составляющих целый файл или папку. Например, цепочка чисел 5,11,12 означает, что файл или папка занимает 3 кластера, но не подряд, так как в середину там вклинилось что-то другое. Кластеры 6,7...,10 были заняты в тот момент, когда происходида запись этого файла или добавление фалов в эту папку.
И вот несколько кластеров (не обязательно идущих подряд) образуют место, где лежит корневая папка. Что там? Там таблица. То есть подряд друг за другом лежат записи. Каждая запись - это строчка оглавления папки: имя, тип (файл/папка/метка/ссылка), фактическкая длина в байтах, дата создания, дата последнего изменения, признак удаления (если файл удалён, то тут только ставится единичка), атрибуты (только для чтения, системный, скрытый), права доступа, и - самое главное - номер кластера где начинается файл или папка, описанные этой записью.
Далее в кластере с указанным номером может начинаться файл, а может другая папка. Если папка, то там опять такая же таблица, но обязательно со ссылкой на родительскую папку и именем ".." (две точки).
Вот и получается что и файлы и папки лежат на физическом устройстве в блоках вперемешку. Если файл сождержит какие-то прикладные данные, то папка - это таблица с оглавлением папки.