Слово вертеп не имеет никаких антиномичных значений. Означает оно пещеру.
В пещере (гроте), возможно, родился Спаситель: "...Земля вертеп Неприcтупному приносит..." (кондак Рождеству); - но в пещерах же прятались бандиты (Мф.21:13).
По этой причине, вероятно, и возникло ощущение "антиномичности".