Отношение к религии в Японии регулируется Конституцией 1947 года и Законом о религиозных юридических лицах 1951 года. Ими провозглашается почти полная свобода исповеданий и почти абсолютный секуляризм (взаимное невмешательство религий и государства в дела друг друга).
Негативной стороной этого стала бесконтрольная проповедь и разрастание деструктивных новых религиозных движений (НРД). После многочисленных преступлений и терракта "АУМ Синрикё" японские спецслужбы получили больше полномочий на выявление подобного рода культов. Однако законодательство не поменялось. И тот же "АУМ Синрикё" спокойно действует под новой вывеской "Алеф", не скрывая связи с материнской организацией.
Нет, не запрещена. Есть и православие, и католицизм, и свидетели Иеговы, и странные корейские сектанты. Штука в том, что японский синтоизм не противоречит никаким религиям, и даже православная пара при желании может обручиться в синтоистском святилище. Всем это будет нормально.