На обычном компьютере Вам доступны практически все файлы и папки. В iOS все программы лежат в строго определенных местах - sandbox (песочница), и работает программа каждая в своей песочнице. Доступа к другим программам и данным нет, за исключением: Фотоальбом и Контакты, геоданные, получение сообщений-push, доступ ограничивается самим пользователем. У каждой программы есть папки (директории)
"ресурсы", данные (картинки, базы данных и т.д.) для запуска программы, статус - только чтение;
"кэш", используется при нехватки памяти;
"временная", используется в основном для загрузки больших файлов;
"документы", главная рабочая папка, статус чтение - запись, сохраняется при загрузки новой версии программы.
Теперь плохое - устанавливая джейл-брейк Вы открываете все песочницы, т.е. можете устанавливать программы не только из App Store а из любого источника в т.ч. и не проверенного. Разумеется при размещении программы в App Store она проходит проверку, но если какая-нибудь мало рейтинговая "стрелялка" запросила доступ к "Фото" или "Контактам" это должно Вас насторожить. Это мало распространенное явление, но оно есть. Стоимость лицензии разработчика $99, и оправдают ли их Ваши фото любимого кота?
Бывают ситуации значительно хуже. Последняя серьезная атака на Apple была сравнительно недавно, при обновлении xCode (среда разработки программ для iOS) был перегружен основной сайт загрузки, многие разработчики скачали xCode с других сайтов (не Apple) - а там была взломанная версия. Проблема была решена дополнительной проверкой специальных сертификатов и потерей времени.
A JailBreak не затрагивает работу ОС?
Благодаря закрытой архитектуре операционной системы айфонов. Программы на айфон скачиваются только из официального магазина, ну а там тотальный контроль над приложениями. Вирусов нет.
Давайте начнем с того что нет на 100% безопасных операционных систем (ОС). Почитайте новости даже годичной давности (http://news.drweb.ru/show/review/?i=9676), дыры в в мобильных ОС iOS были есть и будут.