Если есть подмышка, то где мышка?

Мышка - это мышца. Произошло от древнегреческое слова μῦς ‘мышь’, употреблялось в значении ‘мышца, мускул’.

Латинское слово mus обозначало грызуна, зато уменьшительное musculus ‘мышка’ стало обозначать мышцу.

Подмышкой, значит под мышцей плечевого сгиба.