Расскажу свой опыт чтения "Улисса". Читала его в электронном виде (на покетбуке). Сноски все были в виде гипертекста (активные ссылки). Причем были сноски литературоведческие (обычно ссылки вначале глав), и сноски - комментарии переводчика. Вначале я читала литературоведческую статью по сноске вначале главы, затем сам текст и комментарии переводчика.
Если вначале меня несколько тяготил такой темп чтения, то к середине я втянулась, появился внутренний диалог с "лектором-литературоведом". И готовьтесь, к тому, что чтение будет не быстрым, вдумчивым.
Это зависит от того, что вы хотите получить в результате чтения.
Если хотите пробежаться по сюжету (что с "Улиссом", в общем-то, дело дохлое), то сноски читать не нужно.
Если хотите понять контекст, в котором существует герой текста (и его автор), тогда сноски читать обязательно.