Такая модель есть, только она не работает в том смысле, как сформулирован вопрос. Это геном человека. Попробую привести аналогию.
Существует алфавит на основе 4 фонем (грубо говоря звуков), сочетание их в разных вариантах десятки тысяч (грубо говоря букв), алфавит создавался на протяжении 4,5 млрд. лет и он хранит практически ВСЕ сочетания ВСЕХ предков не то что бы живших когда-то людей, но и живых сущностей вообще, которые использовали эти буквы. Соответственно большинство таких букв не несут в себе никакого смысла, но когда-то несли или не несли или могут в будущем нести или на основе их могут создасться новые буквы, которые могут или не могут нести смысл. Буквы складываются в слова, которые несут или не несут в себе смысл (о будущем я выше написал, в дальнейшем этот список буду пропускать). Слова складываются в предложения и т.д. по цепочке до например Иллиады (организм человека).
Внутри это мегасложная мешанина, где от перемены букв, слов, предложений и т.д. конечный смысл слова, предложения и т.д. до произведения в целом или отдельных его частей может кардинально измениться. Более того - меняется он всегда строго случайным образом, на уровне букв и предугадать точно как он повлияет на конечный смысл - невозможно, Иллиада постоянно дописывается, однако сохраняя некие островки стабильности. Мы знаем все буквы, практически не зная что они несут в себе, знаем более-менее содержание глав Иллиады. Полные цефпочки от букв, влияния их в конкретном месте конкретного слова, предложения и т.д. до смысла в главе нам ивестны, это ничтожные доли % от общего количества. Зафиксировали.
И вот теперь мы пытаемся тестировать лекарства, то есть добавляем новые буквы, или их переставляем или их глушим (убрать полностью практически невозможно) или новые слова, предложения и т.д. до глав Иллиадыф.
Число атомов во вселенной отдыхает. Так что полную модель с прогнозированием результатов не то, что практически, а даже теоретически создать невозможно априори, просто возникают хаотические процессы, где первоначальное число сочетаний (число атомов во вселенной) ничтожно по сравнению с возможным числом сочетаний, которое просто теоретически бесконечно.
Теперь лучик света. Как я выше сказал, существуют островки стабильности, где цепочка от буквы до смысла всего произведения практически неизменна от первого предка, который эту букву написал и вот их учёные изучают и выявляют, это просто статистическая погрешность, но эта погрешность позволила нам увеличить в 20 веке продолжительность жизни в среднем по шарику на 20 лет, когда смогли выявить влияние очень важного абзаца на Иллиаду в целом - антибиотики. И сегодня наука изучает всю цепочку в таких островках стабильности, что позволило уже добиться феноменальных результатов в лечении неизлечимых до этого болезней например.
Но никогда это изучение не будет вестись просто в программном комплексе, только практические эксперименты просто в силу хаотических процессов.