Области вычислений могут быть различны, но большинство из них попадают под категорию "расчеты". Это построение и расчеты сложнейших экономических моделей, моделей погоды, вычислений различных областей науки (физики, химии, математики), медицинские расчеты, военная промышленность.
Создавались суперкомпьютеры в основном для военных целей, рассчитывались атомные и ядерные реакции, позже, с ростом мощностей, стали добавляться все новые области.
Сейчас также используются для криптографических целей (расшифровка/взлом шифров).