он и в кастрюле, и в специальном агрегате проготавливается не весь, вы, возможно, просто никогда на это внимания не обращали. такое вот распределение температуры и индивидуальное поведение конкретных зерен-повстанцев )
Просто микроволовка у вас значит не очень хорошая, вполне возможно, что не прогревает весь попкорн. Нужно либо мощность больше ставить, либо в специальных пакетах его делать