Дело в том, что орденские структуры на территории Прибалтики возникли не на пустом месте - их пригласил архиепископ Рижский, который был сувереном колонизируемых территорий, и орден Меченосцев был его вассалом, а не вассалом папы Римского, как тот же Тевтонский орден. Благодаря этому в Прибалтике сложилась довольно своеобразная ситуация, в которой в сложных соотношениях соподчиненности и сотрудничества (которое чаще было соперничеством) находились архиереи местных епархий (архиепископ Рижский, епископы Дерптский и Эзель-Викский), орден, население территорий под контролем Дании (которая, впрочем, передала их потом под управление ордена, если не ошибаюсь) и городские общины. Преобразование ордена Меченосцев после поражения его под Шауляем в ландмейстерство Тевтонского ордена ситуацию не упростило, потому что оно, став автономной единицей в составе Ордена св. Марии Тевтонской (а Ливонский ландмейстер - одним из высших его сановников), осталось вассалом архиепископа Рижского. Это региональное своеобразие (постоянно приводившее к конфликтам между основными региональными силами - байки про "крестовых поход немецких псов-рыцарей" не имеет под собой никакого основания, потому что там и тени единства между епископами, орденом и городами не было) сохранялось до Ливонской войны сер. XVI века и обусловило невозможность создания там какой-то единой структуры с единым центром власти.