Так получилось потому, что знаки препинания были заимствованы в разные языки Европы довольно поздно и из одного источника. Если точнее, в XV веке (с развитием книгопечатания) из Италии. Создание и распространение современного набора знаков препинания приписывается деду и сыну Мануциям, венецианским книгопечатникам.
Система знаков препинания быстро заимствовалась в языки Западной Европы, где для некоторых знаков впоследствии были разработаны специфические правила употребления.
В более далёкие языки система пунктуации заимствовалась через другие европейские языки. Например, русский язык заимствовал не только набор знаков, но и ряд правил из немецкой пунктуации.
В не-европейские языки европейская пунктуация попала с распространением телеграфа. Впрочем, в некоторых языках сохранились традиционные знаки, а европейские приобрели нетипичное значение. Например, в китайском конец предложения обозначается незакрашенным кружочком, а в армянском -- двоеточием.