Очевидно, что одно сочетание звуков не может означать разные предметы и понятия (во всяком случае, пока их количество не превышает нескольких десятков тысяч).
Поэтому примитивному человеку на заре языка для коммуникации хватало всего нескольких десятков звуковых сигналов. Были они простыми с преобладанием гласных звуков.
Однако, в процессе развития общества потребовалось больше слов для новых предметов и понятий. Выбор звуковых комбинаций был произвольным, кроме случаев, когда она имитировала звуковое поведение явления. В древних центрах формирования языков, удалённых на тысячи километров, были использованы разные решения для обозначения одинаковых понятий, вроде "небо" или "вода".
Слова постепенно становились длиннее и состояли из бо'льшего количества звуков. Создание словаря шло параллельно развитию языка. Так со временем сформировались наборы звуков, характерные для конкретного языка, исходя из физических возможностей человека (человек как вид способен произносить более 170 звуков речи, однако в рамках одного языка используется около полусотни).
Итого: выбор звуков для базовых слов был преимущественно случайным, а словарь состоял из "корней". Намного позже появились части речи и комбинации слов.