Обитает в кишечнике самая разнообразная флора - и простейшие (инфузории; впрочем, в норме они более характерны для травоядных), и кокковые, и палочковидные формы. В том числе, пресловутая кишечная палочка (E.coli) - далеко не все ее разновидности являются патогенными, лакто- и бифидобактерии и даже дрожжеподобные грибы (Candida).
Именно лакто- и бифидобактерии мы обычно и "подселяем" в кишечник для нормального пищеварения в расчете на то, что они, прижившись, вытеснят менее желательные микроорганизмы.
Кстати, любопытный факт: для приживаемости микрофлоры содержащие ее препараты необходимо принимать по инструкции не меньше 14 дней БЕЗ ОСЕЧЕК - иначе придется начинать все с самого начала. И еще одна особенность: разные пробиотики могут содержать различные культуры бактерий. Поэтому их приживаемость во многих случаях - дело индивидуальное.