Да, можно, причём на иены можно как обменять в некоторых банках доллары-евро по кросс-курсу, так и обменять рубли. Более того, при планируемой поездке в Японию и наличии как раз рублей советовал бы именно купить иены заранее, а не терять на двойной конвертации и уж тем более не терять на продаже рублей с потерей уже в Японии. Среди больших банков, иену точно продают и покупают ВТБ, Раффайзен, и (в некоторых отедлениях) Сбербанк. Но это далеко не все банки, и как было упомянуто в комментарии к вопросу, чем ближе к Японии географически, чем больше отделений будут обменивать иену.
Иена - одна из немногих валют, которую можно купить в России по выгодному курсу. Правда, только в крупных городах и только в некоторых банках.
Искать их и сравнивать курс можно через интернет.