Лучше все сразу. Но не стоит учить их отдельно, лучше так: выберите себе иероглиф и запишите несколько слов, где он используется с разными чтения и учите их. Так вы быстрее сможете не только запомнить чтения, но и увеличить свой словарный запас. У такого подхода один минус - вы не сможете нормально за раз изучить много иероглифов (от 5, примерно, и больше), т.к ваша память будет запоминать не только сам иероглиф, но и слова с ним.