Сменится ли пол у Вупсеня и Пупсеня, когда они станут бабочками и как они к этому относятся?

Нет, не сменится. Бабочки, как и другие насекомые, раздельнополые. Если я правильно помню вселенную лунтика, то вупсень и пупсень были мужского пола, такими же они останутся и после метаморфозы.