Чтобы передать какую-либо генетическую информацию детям, в ДНК половых клеток родителей должны произойти изменения. Причина аутоиммунных заболеваний в том, что иммунные клетки организма по какой-то причине начинают воспринимать органы или ткани как чужеродные и повреждать их. Механизм повреждения клеток и тканей при аутоиммунных заболеваниях не предполагает специфических нарушений в ДНК этих клеток, поэтому даже в случае аутоиммунной реакции на половые клетки, их ДНК не будет мутировать, хотя сами клетки, вероятнее всего, будут повреждены.
Однако многие аутоиммунные заболевания зависят от наличия генетической предрасположенности. К примеру, вклад генетических факторов в развитие диабета 1 типа составляет около 80%. Если у человека развилось аутоиммунное заболевание, то вполне вероятно, что у него есть генетическая предрасположенность. А генетическая предрасположенность может быть передана детям и последующим поколениям, которые тоже будут иметь повышенный риск.