Сделаем одно важное уточнение: бахилы могут быть любого цвета. Я встречал зелёные и розовые. Но соглашусь, что чаще всего используются именно голубые.
По-моему мнению, это одновременно нейтральный и яркий цвет. Вряд ли бы красные бахилы прижились, а голубой цвет позволит сразу увидеть, надеты бахилы или нет (по сравнению с прозрачными или чёрными).