Наверное на этот вопрос нужно дать ответить самому Ломоносову:
* * *
Я долго размышлял и долго был в сомненье,
Что есть ли на землю от высоты смотренье;
Или по слепоте без ряду всё течет,
И промыслу с небес во всей вселенной нет.
Однако, посмотрев светил небесных стройность,
Земли, морей и рек доброту и пристойность,
Премену дней, ночей, явления луны,
Признал, что божеской мы силой созданы.
Думаю, что не стоит сомневаться в искренности Ломоносова и подозревать его в конформизме - он не стесняла в выражениях и не шел на поводу официоза/ Вот, его стихотворение к батюшке Пахомию:
К ПАХОМИЮ
Пахомий говорит, что для Святого слова
Риторика ничто; лишь совесть будь готова.
Ты будешь казнодей, лишь только стань попом
И стыд весь отложи. Однако врешь, Пахом.
На что риторику совсем пренебрегаешь?
Ее лишь ты одну, и то худенько знаешь.
Василий, Златоуст, церковные столпы,
Учились долее, как нынешни попы.
Гомера, Пиндара, Димосфена читали
И проповедь свою их штилем предлагали,
Натуру, общую всей прочей твари мать,
Небес, земли, морей, старались испытать;
Дабы творца чрез то по мере сил постигнуть
И важностью вещей сердца людски подвигнуть,
Не ставили за стыд из басен выбирать,
Чем к праведным делам возможно преклонять.
Ты словом Божиим незнанье закрываешь
И больше тех мужей у нас быть уповаешь;
Ты думаешь, Пахом, что ты уж Златоуст!
Но мы уверены о том, что мозг твой пуст.
Нам слово божие чувствительно, любезно,
И лишь во рте твоем бессильно, бесполезно.
Нравоучением преславной Телемак
Стократ полезнее твоих нескладных врак.
1759
Естественно. По крайней мере он демонстрировал то что он верующий, иначе, знаете ли, можно было и крупные неприятности получить. Российская империя не было светским государством, и либо ты был православным, либо не имел полноты гражданских прав.