Добрый день! К сожалению, Вы не указали используемое Вами лекарственное средство. При местном применении, например, Альбуцида возможно кратковременное жжение при закапывании капель, что не является противопоказанием к использованию препарата. Если на фоне проводимого лечения симптомы конъюнктивита не уменьшаются, то для определения дальнейшей тактики рекомендуем обратиться к офтальмологу