Дело в том, что первооткрыватель Америки, Колумб, полагал, что плывет в Индию, а не в какую-то там Америку. Встретив людей на новой земле, он, не раздумывая, окрестил их "Indians" - индийцы. Вот оно и прижилось в английском. Что касается русского языка, когда это слово добралось до великого и могучего, всем уже было известно, что индейцы и индийцы - вовсе не одно и то же, поэтому и слов стало два.
Изначально оба эти слова были синонимами; так, Толстой называл жителей Индии индейцами, а Пушкин жителей Америки - индийцами. Но когда все поняли, что произошла ошибка и было бы хорошо разграничить понятия, учёные предложили называть одних только одним именем, а других - только другим и все согласились, ведь это логично и удобно.