Не уверен, что отвечу 100%-но верно, т.к. розничной торговлей давно не занимался и вопрос с он-лайн кассами подробно не изучал, но тем не менее попробую соориентировать.
Насколько я себе представляю касса отвечает исключительно за кассовый учет, т.е. деньги, пришедшие тебе НЕ в виде перевода с расчетного счета юридического лица. За учет товародвижений касса не отвечает, цели такой нет.
Касса нужна для того, чтобы фиксировать пришедшие тебе деньги (и ушедшие от тебя) и в режиме онлайн передавать эти данные в твою налоговую. Разумеется, налоговую прежде всего интересуют пришедшие к тебе деньги.
Пришедший и реализованный тобой товар - вопрос твоего налогового учета, за него ты отчитываешься, если платишь какой-то другой налог, кроме ЕНВД.