Необычно, что вы вообще задаете этот вопрос, учитывая, что хотите стать разработчиком именно в Японии. Какое по вашему образование там больше ценится?
Не могу говорить за качество российского образования в сфере IT (хотя кажется очевидным), но, что касается языка, тут однозначно лучше сначала в языковую школу, а потом институт в Японии. Чем дольше вы будете находится в языковой среде, тем лучше для вашего уровня языка. Если получать образование сразу на японском, не придется заново переучивать профессиональную терминологию.