Почему в качестве официального языка Австрии указывают не южнонемецкий/верхнефранкский/баварский? Это ведь фактически отдельный язык (не то что AmE).?

Это вовсе не отдельный язык. Та же грамматика (на 99%), что и в классическом немецком. По большей части та  же лексика.  А разница в произношении, интонации и в 5-10% лексики. Например, многие названия продуктов, блюд или предметов быта в австрийском немецком другие. Но каждый австриец знает и немецкое соответствие австрийского слова.

Да, в Австрии много диалектов. Но их также много и в Германии. 

Швейцарский немецкий отличается от классического немецкого больше, чем австрийский, но это все равно немецкий.