Источником энергии магнита является его магнитное поле. Да, поле тоже обладает энергией! Магнитное поле магнита является совокупностью упорядоченных магнитных полей, создаваемых отдельными электронами в веществе. Электроны - заряженные частицы, при их движении и возникают магнитные поля.
Вас ведь не удивляет откуда энергия у Земли, которая совершает работу притягивая к себе тела? У Земли это масса, то есть гравитационное поле. А у магнита - это магнитное поле. Аналогично отдельная заряженная частица обладает энергией, которая притягивает к себе другие заряженные частицы (ну или отталкивает). Такую энергию называют потенциальной. При притяжении/отталкивании потенциальная энергия падает, а кинетическая возрастает.
Ну а если вы хотите глобального ответа на вопрос "откуда энергия", то можно лишь сказать "вся энергия возникла в момент возникновения Вселенной".