Религии, особенно авраамистические, всегда были жестоки, это касается и ислама, и христианства и иудаизма. На мой взгляд основное отличие то, что и иудеи и христиане смогли долго, и не без черных страниц, пройти процесс секуляризации жизни, венчаемый прежде всего за счёт смен индустриальных формаций и НТР.
Ислам же, является идеологической опорой антиглобалистского третьего мира, который не может с одной стороны эмансипировать женщин, гарантировать свободу личности и прочее, а с другой, не признать достижения западного мира. Сама религиозная составляющая не так и важна, гораздо больше тут играют более глубокие ментальные и культурные факторы.
Скорее это реакция по-сути "неолитического сознания", то есть очень примитивной и архаично построенной системе мироздания ( не касательно всех 100% мусульман, но естественно львиной их доли ), фундаментально основанной на догме, а не на критике и эмпиризме. Поэтому секуляризация жизни у мусульман проходит болезненно, фрагментарно и в малых масштабах.
Сама религия здесь только некий инструмент, а не сама суть борьбы, потому как любое писание можно толковать как угодно. Один будет защищать коран, покажет и прокомментирует выдержки из него, говорящие о миролюбии и прогрессивности ислама. Другие же истолкуют радикально иначе. Это болезнь и других архаичных текстов, лишенных практического смысла в наши дни, таких как библия например.
Говоря короче, вы и сами ответили на вопрос в его формулировке, только вы видите проблему в исламе, а я в проблеме перехода на новую формацию и тип социальных отношений в традиционных обществах, которые берут ислам, как идеологическое основание, как способ сформулировать свой глубокий психологический страх к перемене образа жизни, ценностей и отношений. По-существу, вы задали закрытый вопрос, на который можно ответить да/нет.