Да, были случаи когда после дополнительной проверки выяснялось что тот или иной святой в 30-е годы вел себя не всегда достойным образом (шел на сотрудничество со следствием). В этом случае в церкви обычно специальным решением прекращалось его почитание, что иногда порождало недовольство среди верующих на местах.
В отличие от католической церкви в современной православной протоколов и критериев обычно не записывают и не формулируют. Решением вопросов занимается соответствующая комиссия, которая и принимает решение по отдельным фактам.
В 2013 году произошло исключение имен более чем 30 новомучеников из православного церковного календаря. Но само по себе это не является деканонизацией. По словам В. Цыпина, историка церкви и члена Синодальной комиссии по канонизации, "процедура деканонизации не только не прописана, но в церковных канонах нет даже такого слова".