Независимый - значат не аффилированный с большой сетью, как, например, не Буквоед в России или не Barnes & Noble в США.
В России это не проблема. В США Barnes & Noble постоянно обвиняют в пропаганде одних взглядов и цензуре других (см например http://bookstorememories.com/blog/?p=815 )Продажа книг намного менее прибыльное занятие, чем несколько несятков лет назад, до Amazon, но некоторые мои любимые независимые магазине еще держатся на плаву.
В США, к сожалению, многие виды розничной торговли, не только книгами, пали жертвами научно-технического прогресса.