По той причине, что часть - не есть целое. Москва - это часть России, а не Россия. Соответственно, есть другие места, которые сильно отличаются от Москвы по любым параметрам, но тем не менее тоже являются частью России. Это всё риторика. Если мы начнем сравнивать Москву и другие части России, то мы всегда найдем что-то общее и какие-то различия, в некоторых случаях будет больше общего, в некоторых - больше различий. Дальше уже вопрос, на чем будем концентрировать внимание - на сходстве или на различиях.
Также важным пунктом является то, что мест, подобных Москве, в России почти нет (мегаполис), поэтому если собрать все самые характерные черты Москвы, то окажется, что многие из них уникальны на территории России. При пристрастном отборе параметров для сравнения окажется, что между Москвой и, не знаю, Лондоном или Шанхаем больше общего, чем между Москвой и любым другим российским городом. Хотя, конечно, можно подобрать и совсем другие критерии сравнения, по которым Москва будет органичной частью окружающей России.
Этнический состав России это 40% Славяне и 60% Национальные меньшинства. В Москве эта пропорция не верна. Там больше славян. В остальных же регионах, в процентном соотношении, больше локальных нац-представителей. Поэтому Москва - не Россия.