В одной секунде 1000 миллисекунд, потому что приставка милли приставляется к обозначению единицы измерения когда та умножается на 10 в минус 3 степени.
А ответ на ваш вопрос такой- потому что всякие научные расчеты легче делать с десятичными числами как грамм, метр и т.п. Так что в системе СИ стоит именно секунда, как единица времени, и ее доли и кратные.