Я не атеист, но думаю, что принцип нейтрального воспитания примерно одинаков для всех. Я делал так: с самого младенчества по чуть-чуть рассказывал как устроен мир и откуда взялся человек с точки зрения науки. Потом годам к 4-5 мы дошли до того, что на некоторые вопросы наука не дает ответа (например, как возникла Вселенная, что было до Большого взрыва, есть ли край у Вселенной и что за ним и т.д.). И уже тогда говорю, что пытаясь дать ответы на эти вопросы "многие люди верят, что ..." и рассказываю основные положения творения мира и возникновения человека с точки зрения христианства.
Говорить стараюсь от третьего лица, не навязывая своего мнения, а если ребенок спрашивает конкретно, то объясняю: "я верю/ не верю, потому что...", но не агрессивно, иначе ребенок перестанет задавать вопросы и просто примет точку зрения родителей как единственно верную.
Ну, как-то так.