Традиция говорить "на Украине" сложилась в те времена, когда Украина была сначала территорией с нечётко определёнными границами в составе Российской империи, а потом административной единицей СССР с некоторыми бутафорскими атрибутами квазигосударственности.
С 1991 года Украина приобрела статус независимого государства. При этом "Украина" – не только краткое название страны, но и полное официальное название государства.
Между носителями русского языка существуют разногласия по поводу того, является ли изменение статуса Украины достаточной причиной, чтобы говорить "в Украине" вместо "на Украине". В России преобладает мнение, что такая причина недостаточна. Значительная часть носителей русского языка на/в Украине считает, что в связи с новым статусом страны теперь нужно говорить "в Украине", по крайней мере в официальном контексте (особенно там, где "Украина" обозначает полное официальное название государства). Вариант "в Украине" часто используется в русскоязычных масс-медиа Украины и принят в официальных документах, издаваемых органами власти Украины на русском языке.
Таким образом, есть две традиции. Вопрос в том, насколько устойчивой окажется альтернативная традиция, и где пройдёт граница между двумя узусами по линии между Россией и Украиной и между официальным и разговорным языком.
Источник: org.ua
От себя добавлю то, что украинцы отстаивают предлог "в" перед назаванием своего государства потому, что умышленное употребление предлога "на" вместо "в" в данном случае подчеркивает неуважение суверенности и независимости государства, а это их задевает.
С таким же успехом можно спросить почему некоторых россиян будет задевать употребление "на России" вместо "в России".