Почему в СПбГУ астрономию преподают на матмехе, а в МГУ - на физфаке?

Потому что в Питере традиционно больше чтут традиции:)

Изначально и в МГУ астрономия была на мехмате, вернее, с начала 19в. - на физико-математическом отделении/факультете. А  когда математика выделилась отдельно (1930-33-гг), туда же на мехмат "ушла" и астрономия, но через двадцать с небольшим лет ее перевели на физфак, уже в новое здание. То что сперва астрономия была ближе к математике понятно, так как большинство задач астрономии наиболее актуальных в то время требовали могучего матоаппарата - астрометрия, небесная механика. Вспомним, что астрофизика как наука появилась только во второй половине-конце 19го века