Если бы СССР был цельным государством в административно-территориальном плане, спасло ли бы его это от сепаратизма ?

Давайте немного переформулируем. Я так понял, имелось в виду: "Если бы СССР был унитарным государством - спасло бы это его от активизации сепаратистских тенденций со стороны входящих в состав народов, и последующего развала?" 

Нет, не спасло бы! Более того, именно введением (пусть и достаточно формальной) системы национальных автономий и "государств", Российскую империю удалось, фактически, продлить на 70 с лишним лет. При унитарном государстве всё случилось бы значительно раньше, и более трэшовым кровавым сценарием. 

Практически все из крупных сформировавшихся этносов бывшей РИ имели в течение Гражданской войны недолгий опыт существования собственных суверенных государств. И память об этом никуда не могла деться. И вы бы физически не смогли бы никак убедить грузин, армян, или, скажем народы Средней Азии, почему они теперь должны жить исключительно по русским обычаям, говорить на русском языке (а как ещё при унитарном государстве?) и т.д. Этнических русских в этом государстве была от силы половина. К моменту образования СССР русификация вообще была куда меньшей, чем в 1991 году. 

Чтобы пояснить, приведу незавидные примеры стран, с куда более однородным населением (но также всё-таки многонациональных), которые-таки пытались создать унитарные государства, и перековать всех по образу и подобию государствообразующей нации. Польша. Украинцы и беларусы - тоже славяне; говорят на языках, близких как к русскому, так и к польскому. 20 не слишком успешных лет существования второй Речи Посполитой характеризовались постоянным украинским и беларуским сепаратизмом, подпольной и открытой борьбой, и террористической деятельностью со стороны национально-освободительных движений. А потом - трагедия польского народа во время WWII. Или королевство Югославия (где между разными славянскими этносами также нет таких различий, как, скажем, между русскими и узбеками), где, в конечном счёте, возобладала тенденция всех превратить в сербов. Те же проблемы, и резня на этой территории во время той же войны. 

Наоборот, создание национальных республик помогло умаслить какую-то часть местных культурных элит. Это весьма улучшало имидж. В отличие от санационной Польши, в СССР, хотя бы формально, признавались и культура и языки беларусов и украинцев. В Средней Азии большевики поступили вообще хитро, по сути, сколотив заново несколько наций (а в регионе традиционно все жили вперемешку, и во главе угла были скорее религиозные различия; вполне котировалась идея единого свободного "Туркестана"), создав и местные национальные элиты, и посеяв зерно тлеющего раздора между вновь очерченными этносами - принцип "разделяй и властвуй". 

Нет, конечно, создание местных национальных элит, чётко оформленные границы республик - это же способствовало распаду. Зато благо в том, что их, при разводе, не пришлось создавать с нуля, с кровавым переделом (почти). Т.е., мы получили такой аккуратный сепаратизм - когда есть те, кто может взять власть, и они свыклись с границами, в рамках которой эта власть будет осуществляться. В случае, если бы республик с определённой территорией, и местных национальных управленцев не было - это всё рождалось бы в хаосе гражданских войн, в ходе которых вместо каких-то законов каждая сторона имела бы в качестве аргументов лишь силу.