1) В Москве традиционно максимальная в России доля оппозиционного либерального электората. В 2011 году второе место в ней на выборах президента занял Прохоров. В 2013 Навальный занял его нишу (если бы Прохоров от участия не отказался, результат был бы в разы хуже). Особенно это сказалось на фоне невзрачности остальных кандидатов и их принадлежности к надоевшему набору партий. В Костроме электорат другой.
2) В 2013 году имел место как внутриэлитный конфликт, так и некоторый тренд на демонстрацию чистоты выборов. Все это вылилось в то, что власть Навальному только помогала. На его участии не только не сказались проблемы с правосудием, но и административный барьер помогла преодолеть сама партия власти. Скандалы вокруг него выглядели скорее осознанным желанием его пропиарить. Конечно, победить ему никто бы не дал - но и Собянин должен был занять первое место с минимальным отрывом, дабы не претендовать потом на слишком большую роль в элите.
3) Либеральная оппозиция (тем более, что Навальный тогда еще и часть националистов привлек) в то время еще была в тренде. До Крыма. Рейтинг власти был не слишком высок. Либералы еще не оттолкнули большую часть населения поддержкой Украины. Сейчас все иначе.
4) В Москве Навальный земляк и активно использовал городскую повестку. В регионах москвичей воспринимают, мягко говоря, не так хорошо. К тому же незнакомые с внутригородской повесткой парнасовцы сами делали акцент в основном на том, что Кострома - это просто некий фронт их большой борьбы за всю федерацию. Это все хорошо, но кто водопровод чинить будет?
5) Сама организация кампании, по мнению многих, была гораздо более низкого уровня. Например, в ней не участвовал довольно талантливый политтехнолог Максим Кац, роль которого в московском успехе была высока.
"Талантливый политтехнолог"? Вы серьезно?