Как по мне, так ответ очевиден - Джеймс этакий самоуверенный красавчик и первый парень на деревне, а Северус унылый ботан-задрот, непривлекательный внешне и настолько зацикленный на Лили, что никакой искры там быть не могло.
В "Гарри Поттер и Орден Феникса" все говорилось.
Во первых Лили всегда видела у Северуса темную сторону. Когда Джеймс Поттер и его друзья снова начали задирать Северуса, Лили попыталась помочь старому другу. Но он лишь обозвал ее «грязнокровкой». И вот после этого Лили перестала дружить с Северусом.