У меня была такая же проблема, но в школе. Идешь к кардиологу по месту жительства, жалуешься, показываешь документов там всяких(тебе уже виднее, что делать), он тебе и напишет, что нужно ограничить физические нагрузки и освободить тебя от физ-ры. Вроде это так работает.
Скорее всего, в Вашем ВУЗе будет проходить диспансеризация. И именно на ней, в кабинете у определённых врачей, рассказать о своём недуге и получить либо полное освобождение, либо направление на ЛФК. Если диспансеризации никакой нет, тут уж можно абсолютно к любому врачу. Главное, чтобы все печати стояли.