Вообще-то неприличным это точно не считается. Просто иногда это более, а иногда менее уместно. На научных семинарах и на конференциях после окончания доклада, а также после окончания лекции профессора, приглашенного в университет специально ради нее, хлопают практически обязательно, с большим или меньшим энтузиазмом. То есть хлопают в России - а зарубежные коллеги на конференциях стучат по столу костяшками пальцев. На регулярных лекциях студенты хлопают реже, но это тоже случается, и преподавателю это всегда приятно. Если говорить о каком-то правиле, я бы сказала, что больше хлопают в тех случаях, когда лекция или доклад - событие, нечто специальное, в чем-то уникальное, а не хлопают в ситуациях, когда они воспринимаются как часть рутинного процесса. Особенно приятно бывает, когда в ходе регулярного курса студенты, которые раньше не хлопали, вдруг спонтанно захлопают - значит, лекция точно удалась и возникло хорошее понимание между преподавателем и залом. Я замечала, что это происходит в тех ситуациях, когда какие-то удачные и вдохновляющие сюжеты приходятся на самый ее конец. Но спонтанно тут важное слово, конечно.
На факультете журналистики МГУ принято хлопать каждому преподавателю после окончания его лекции. Таким образом мы проявляем не только уважение к нему как к абсолютному знатоку своей темы, но и по-человечески: простоять полтора часа и непрерывно читать предмет так, чтобы заинтересовать студента, довольно непросто.