Полагаю, что для этого есть веские причины, как минимум, экономического характера.
С точки зрения целевой группы потребителей услуг, оказываемых под брендами Трансаэро и Аэрофлот, оба бренда позиционируют оказываемые услуги примерно на одном уровне.
Изменение позиционирования Трансаэро, например, в дискаунтер, для Аэрофлота вряд ли имеет смысл в виду того что: (а) у Аэрофлота уже есть "дочка" Победа, с аналогичным позиционированием, и (б) самое главное, что сама по себе смена позиционирования, как в дискаунтер, так и в какой-нибудь премиум, требует огромных вложений по привлечению клиентов иного, чем ранее, уровня потребления услуг, то есть необходимо ломать уже сложившиеся стереотипы о бренде.
В таких случаях дешевле не менять позиционирование существующего бренда, а создать суббренд, как, например, это сделали японские автопроизводители Toyota - Lexus - Scion (суббренд дискаунтер?), Nissan - Infinity и Honda - Akura.
Также необходимо учесть, что поддержание двух брендов в одном сегменте услуг увеличит маркетинговые расходы вдвое, но совершенно не гарантирует эффективной отдачи.
Ну и в конце концов, Аэрофлот, как одна из крупнейших авиакомпаний не только России, но и мира, наверняка имеет скидки "за объем" на услуги в компаниях партнерах (вспомним пресловутый альянс Sky Team, о котором каждый пассажир Аэрофлота за один перелет слышит добрый десяток раз), а подключение к этим услугам новой компании и даже бренда - дополнительные расходы.
Так что это всего лишь бизнес, ничего личного.
Update: Ценность бренда определить можно только очень приблизительно и, как мне кажется, только в зависимости от контекста ситуации, в которой такая оценка требуется. Как показывают сегодняшние новости, стоимость бренда в прежней отчетности Траснаэро была сильно завышена. vedomosti.ru
Бренд "Трансаэро" никому не нужен кроме "Трансаэро". Его оценка в очень круглую сумму была дана для того, чтобы закрыть дырку в отчетности по деньгам. Поэтому бренд "Трансаэро" стоит больших денег на бумаге, и фактически ничего не стоит в реальности. Именно по этой причине он не нужен "Аэрофлоту".