И кофе, и зерно не молится (кому? о чем?) и не мелится (такого глагола нет). И то и другое мелется. «Молоть» — не самый простой глагол: когда-то он звучал как *melti, а потом л в инфинитиве отвердело, е перешло в о, после л появилось второе о (то есть развилось полногласие, как в родственном слове «молотить»). А вот в других формах («мелешь», «мелю», «мелется») более древнее е сохранилось.