Можно ли проехать на скором межрегиональном поезде внутри города (например, проехать 2 станции в плацкарте в пределах Москвы)?

Межрегиональные поезда останавливаются в городе только один раз. 

Предположим, вы сели на поезд Москва-Санкт-Петербург, который едет 10 часов. Поезд проедет мимо станций для электричек в пределах Москвы мимо и остановится только в Твери.

Скорый поезд вообще останавливается только в крупных городах (и тоже один раз).

Так что провернуть такое невозможно.

Возможно, если «новую Москву» считать тоже Москвой.

С киевского вокзала следует 86 поезд, который делает остановку в Бекасово-1, который нынче «новая Москва».