Отчасти военкомат прав. После защиты ВКР тебя автоматически снимают с отсрочки, так как уже не являешься студентом университета. Напиши заявление в деканат об ученическом отпуске, что увеличит действие отсрочки до конца учебного года (заканчивается в конце августа, если кто не знал), и получишь небольшой бонус в виде стипендии за 2 месяца, если её получал.
Это ситуация, ставшая типичной с 2017г. Первая отсрочка была для окончания школы. Вторая бакалавриат. Третья не положена. Знакомый студент-магистр пошёл с этой проблемой к юристам в октябре 2017. А в ноябре пошёл в армию. Через пол года уже вернётся.