Нет, чтобы соответствовать закону 54-ФЗ вам нужно фискализировать платежи самостоятельно. Агрегатор лишь принимает деньги, а выдача чека покупателю и отправка данных в налоговую лежит на интернет-магазине.
Т.е. вам нужно на своей стороне установить онлайн-кассу и подключить сервис связывающий ваш платежный агрегатор и онлайн-кассу, например Бизнес.Ру Онлайн-чеки. Или воспользоваться арендой облачной кассы.
Агрегатор при наличии соответствующего договора между вами, может выдать кассовый чек от своего имени с применением своей онлайн кассы, в котором будет указано, что он выступает агентом, а также будут указаны ваши реквизиты как поставщика услуги / товара. Зачисление средств должно производиться на расчетный счет агрегатора.
Данная схема не работает, если заказ оплачивают лично вам.