Почему Роскомнадзор не блокирует WhatsApp/Viber, ведь там тоже есть ключи шифрования ?

Потому что Telegram вокруг себя хорошо мобилизовал оппозицию. Потому что не совсем мессенджер, скорее гибрид социальной сети и мессенджера, где есть множество оппозиционных каналов с приличной аудиторией.