Прежде всего потому, что метро, как правило, лежит глубже, чем канализационные каналы. А канализация, в отличие от водопровода - не напорная, а самотечная. Соответственно, что бы поднять фекальные стоки на уровень канализационных каналов, где бы они уже поплыли бы дальше сами, требуются достаточно мощные насосы. Дороговато получается.