Изначально Ваша духовка и печенье находятся в равновесии с окружающей средой. Затем Вы путем включения духовки сообщаете печенью заданное количество энергии (печенье должно находиться при 100 градусах в течение n минут). Энергия не аккумулируется в печенье, а расходуется на процессы, которые приводят к его выпеканию, в том числе и на испарение воды.
Всё время, пока происходит нагрев, духовка испытывает энергетические потери - охлаждается через стенки, щели и т.п. Её задача - поддерживать температуру печенья равной 100 градусов. Поэтому такой перегрев печенья очень маловероятен.